Le climat est méditerranéen sur la côte d'Alexandrie, semi-désertique près du Caire et complètement désertique dans le Sud. Les printemps sont chauds mais supportables, partez donc de préférence en mai, voire en octobre ou en novembre. En été, la chaleur est paralysante, 40°C (À Assouan et en Nubie, il peut faire jusqu'à 50°C). En mars-avril, le khamsin, un vent chaud et poussiéreux, souffle à près de 150 km/h. Les hivers sont doux à Assouan et Louxor, mais peuvent être glacials au Caire ou à Alexandrie.